В 1931 году епископ Никита бы арестован и этапирован из Бийска в Барнаульскую тюрьму. Одновременно чекисты арестовали еще 25 «активных церковников» из окрестных сел. В частности, вместе с епископом Никитой в Бийске были арестованы священники Иоанн Веселовский и Тихон Смородинов, а также секретарь владыки Никиты отец Иоанн Соколов, сын архиепископа Иннокентия. Арестованные вряд ли знали о существовании друг друга, но по ходу «следствия» их искусственно объединили в «контрреволюционную организацию церковников», во главе поставили Преосвященного Никиту…
В основу обвинительного заключения были положены бумаги, обнаруженные у владыки при обыске. Это был текст меморандума местоблюстителя Патриаршего престола митрополита Нижегородского Сергия и ответа на него представителя Правительства Смидовича. В меморандуме митрополит Сергий изложил Правительству ряд просьб и предложений по поддержанию хотя бы мало-мальски сносных условий церковной жизни «тихоновцев»:
— не приравнивать духовенство к нетрудовому элементу;
— не закрывать детям духовенства доступ в школы и вузы;
— членов церковных советов не приравнивать к кулакам;
— при решении вопроса о закрытии храма принимать во внимание голос прихожан;
— разрешить открытие богословских курсов (обновленцы имели Духовные Академии);
— разрешить издание журнала при Патриархии;
— в новой Конституции не ухудшать положения верующих в СССР»…
Ответ Смидовича был туманным, хотя и давал какие-то надежды.
Чекисты объявили оба документа «контрреволюционными», поскольку они «не имеют официального характера и предназначены для возбуждения недовольства Советской властью у священнослужителей и верующих».
Также при обыске у епископа Никиты нашли список из 71 фамилии. Список не имел названия. Скорее всего, владыка заполнял его постепенно, день за днем. Чекисты разобрались, что это список лиц, взятых «по линии ОГПУ» и включили его в «дело», как еще одно доказательство недовольства епископа Советской властью.
Владыку допрашивали 8 раз. После изнурительных допросов он дал признательные показания и заявил, что руководил вымышленной чекистами к/р организацией церковников. «Хотя я и невиновен, — написал владыка в своем заявлении, — но руководство контрреволюционной организацией я принимаю на себя». Однако допросы не прекратились. 4 мая 1931года во время еще одного из допросов владыка Никита сказал: «Признание свое я мотивирую тем, чтобы скорее закончилось следствие».